Pura Batu Medawu memiliki konsep nyegara gunung yaitu perpaduan daratan dan lautan dalam satu keindahan yang merupakan simbol harmonisasi akam semesta. Pemedek yang berkunjung kesini akan melakukan 3 kali persembahyangan yaitu pertama ke Pura Segara, kemudian ke Pura Taman dan terakhir ke Pura Penataran. Piodalan dilakukan pada buda kliwon wuku pahang menurut pawukon setiap 6 bulan sekali. Pura Batu Medawu ini di-empon oleh separuh desa adat, mulai dari Desa Adat Kutampi Atas ke bagian selatan dan timur.
Fungsi Pura Batu Medawu sebagai tempat suci untuk umat Hindu berdoa/ sembahyang yang dibangun dan menjadi dekat dengan Hyang Widhi dengan tujuan untuk mendapatkan kebijaksanaan dan berkatNya. Di Nusa Penida, biasanya Pura Batu Medawu menjadi tempat pemujaan untuk memohon kebijaksanaan.
